(1) seadmete valik. Farmaatsiaseadmete valikul esineb mõningaid probleeme, näiteks kogemuste põhjal valimine (ilma tegelike arvutusteta või ebapiisavate andmete arvutamiseta), pimesi edasiminekule püüdlemine ja füüsikaliste andmete ebapiisav uurimine, mis mõjutavad tõsiselt seadmete praktilisust ja ökonoomsust.

(2) seadmete paigaldamine ja koolitus. Farmaatsiaseadmete paigaldamise protsessis pööratakse sageli tähelepanu ehituse edenemisele, ignoreerides ehituskvaliteeti, mis toob kaasa seadmete hoolduskulude suurenemise hilisemal perioodil. Lisaks kujutab seadmete hooldus- ja käituspersonali ebapiisav koolitus endast ohtu ka farmaatsiaseadmete haldamisele ja hooldusele.

(3) ebapiisavad investeeringud informaatika haldamisse ja hooldusse. Tänapäeval, kuigi paljud ettevõtted omistavad seadmete haldamisele ja hooldusele suurt tähtsust, samuti seadmete hooldusandmete haldamisele ja põhiparameetrite registreerimisele ning teevad seda juba mõnda aega, on siiski mõned probleemid, näiteks keeruline pidevalt hooldusandmeid pakkuda ning tõhusa farmaatsiaseadmete spetsifikatsiooniteabe, näiteks spetsifikatsioonide, jooniste jms puudumine, mis suurendab seadmete haldamise, hoolduse ja rekonstrueerimise raskusi.

(4) Juhtimissüsteem. Puuduvad tõhusad juhtimissüsteemid ja -meetodid, mille tulemuseks on farmaatsiaseadmete hoolduspersonali ebapiisav juhtimine, hoolduspersonali töö standardiseerimata jätmine ning farmaatsiaseadmete haldus- ja hooldusprotsess, mis tekitab varjatud ohutusriske.